濕地保護聯盟澎湖分會成立前，本會會員即積極調查澎湖濕地的分佈概況，也曾邀請翁義聰老師一同遠至七美，調查該濕地分佈情行。今將各地調查結果，依海岸濕地及內陸濕地，作簡單的分佈介紹。
一. 海岸濕地
(一)天然濕地(潮間帶)
澎湖縣滿潮面積約126.8642平方公里，退潮後面積約為164.1165平方公里(按澎湖縣志計算)，兩者面積約相差 37.2523平方公里。此濕地佔澎湖滿潮面積約29.36%。
(註：如果海岸線外六米深的海洋地區也列入濕地範圍，則澎湖濕地面積佔全縣面積的比例，可說居全國之冠。)
(二)人造濕地：依全縣一市五鄉分佈如下：
1.馬公市：
a.興仁水庫、菜園濕地(含魚塭)約50公頃。
b.雙湖園、菊苑約15公頃。(本縣水土保持示範區)
c.東衛水庫約10公頃。
d.天人湖(拱北山南麓附近)約7公頃。
2.湖西鄉：
a.青螺濕地約50公頃(含紅樹林濕地)。
b.成功水庫約40公頃。
3.白沙鄉：
a.赤崁地下水庫約30公頃。
b.城前廢魚塭約1公頃。
c.岐頭廢魚塭約1公頃。
4.西嶼鄉：小池角水庫約5公頃。
5.望安鄉：西安水庫約5公頃。
6.七美鄉：七美水庫約5公頃。
總計人造濕地共219公頃，約佔全縣滿潮面積的1.73%。
二. 內陸濕地
1.馬公市：山水濕地約2公頃。
2.湖西鄉：荸齊池、林投沼擇、尖山濕地各約1公頃。
3.望安鄉：
a.岩川陸蟹保留區約3公頃。
b.鴛鴦窟林投濕地約3公頃。
c.西吉嶼西岸濕地(有福池一廢棄之淡水儲水池)約2公頃。
4.七美鄉：白馬坡草澤地約1公頃。
共計約12公頃佔澎湖滿潮面積約0.1%。
由上述資料可知澎湖濕地以海岸濕地之天然溼地(潮間帶)面積最大，人造濕地居次，內陸濕地最小。雖然全部濕地占全縣面積約30%以上，但由於不當的開發，各海岸濕地已被水泥防坡堤破壞近三分之一，澎湖最美的海岸線正逐日銳減。在此呼籲：請大家一起來關心澎湖的濕地，共同維護其完整生態而努力。